Η Βραζιλία πάσχει από «συσκότιση» γενετικής παρακολούθησης που καθιστά δύσκολη την ανακάλυψη νέων στελεχών Coronavirus η κοινωνία

Ενώ ο κόσμος ανησυχεί για τον αντίκτυπο των νέων στελεχών του ιού Corona, Δυνητικά πιο μεταδοτικήΗ Βραζιλία δεν γνωρίζει ποιοι τύποι ιών εξαπλώνονται στο έδαφος της. Η χώρα διεξάγει πολύ λίγες δοκιμές και είναι σε θέση να προσδιορίσει τη γενετική ακολουθία και να αναλύσει έναν πολύ μικρό όγκο αυτών των δοκιμών. Αυτό είναι μια αντανάκλαση της μικρής επένδυσης που έχει γίνει ιστορικά στην επιστήμη. Οι μεταλλάξεις είναι συχνές και δεν προκαλούν μεγάλη ανησυχία. Ωστόσο, η επονομαζόμενη γενετική παρακολούθηση είναι σημαντική και ακόμη περισσότερο κατά τη διάρκεια μιας πανδημίας. Αυτό δείχνει, για παράδειγμα, ότι υπάρχουν πιο μεταδοτικά ή θανατηφόρα στελέχη και εάν μπορούν να ξεφύγουν από την προστασία που παρέχουν τα εμβόλια. Δείχνει επίσης εάν οι δοκιμές πρέπει να βελτιωθούν για να είναι ακόμη σε θέση να επιβεβαιώσουν τη μόλυνση.

Την περασμένη εβδομάδα, η Ιαπωνία εντόπισε ένα νέο στέλεχος του ιού σε ταξιδιώτες από την πολιτεία Amazonas, καθώς η κατάσταση γίνεται όλο και πιο επικίνδυνη: Καθώς προχωρά το COVID-19, ο Manaus πάσχει από Κρίση παροχής οξυγόνου στα νοσοκομεία. Η ταυτοποίηση της βραζιλιάνικης εναλλακτικής από τον κοραναϊό δείχνει τη δυσκολία της χώρας στον έλεγχο των μεταλλάξεων. Η Βραζιλία πραγματοποιεί εκατό φορές λιγότερες γενετικές αλληλουχίες και πλήρη ανάλυση διαμόρφωσης γονιδιώματος του ιού, σε σύγκριση με το Ηνωμένο Βασίλειο και αποτελεί παγκόσμια αναφορά στον τομέα. Στα τέλη του περασμένου έτους, Βρετανοί επιστήμονες ανακάλυψαν γρήγορα Δυνητικά πιο μεταδοτική παραλλαγή. Προς το παρόν, οι επιστήμονες δεν μπορούν ακόμη να προσδιορίσουν σε ποιο βαθμό η νέα παραλλαγή του κοροναϊού που ανακαλύφθηκε στο Manaus ήταν υπεύθυνη για τη δεύτερη κατάρρευση του συστήματος υγείας στο Amazonas, αν και υπάρχει μεγάλη πιθανότητα να έχει αυτό το αποτέλεσμα.

Όταν η Ιαπωνία εξέδωσε τον συναγερμό στις 10 Ιανουαρίου περίπου Μεταβλητή ManausΗ ομάδα ερευνητών από το Δημόσιο Ίδρυμα Oswaldo Cruz (Fiocruz), που εργάζεται στο Amazonas για να κάνει γενετική παρακολούθηση, μόλις ολοκλήρωσε την αλληλουχία ορισμένων δειγμάτων του Νοεμβρίου. Από τον Μάρτιο του 2020, η ομάδα εργάζεται ταυτόχρονα για τη γενετική αλληλούχιση και διάγνωση μέσω κλινικής ανάλυσης. Οι ερευνητές συγκλονίστηκαν από το πρώτο μεγάλο κύμα της νόσου, ο οποίος πέρασε τρεις μήνες χωρίς πρόοδο στην παρακολούθηση. Μόνο όταν οι περιπτώσεις μειώθηκαν, η ομάδα μπόρεσε να συνεχίσει τις δραστηριότητες και να αναλύσει τα δείγματα από σχεδόν όλους τους δήμους. Με την ιαπωνική προειδοποίηση, αυτοί οι ερευνητές συνέκριναν δείγματα από αυτήν τη χώρα με την ακολουθία του Νοεμβρίου και επιβεβαίωσαν ότι η προέλευση αυτής της γενεαλογίας – πιθανώς πιο μεταδοτική – είναι η ίδια με αυτή του Αμαζονίου.

Αυτό ήταν εκπληκτικό. Δεδομένου ότι είχαμε τη σειρά μέχρι τον Νοέμβριο, είδαμε ότι προήλθε από την ίδια ομάδα, αλλά με πολλές μεταλλάξεις σε σύντομο χρονικό διάστημα, λέει ο Felipe Nfica, ερευνητής και αναπληρωτής διευθυντής έρευνας και καινοτομίας στο Ινστιτούτο Leonidas and Maria Dean Institute (ILMD / Fiocruz Amazon). Τώρα, η ομάδα εργάζεται για την αλληλούχιση του ιού σε δείγματα που ελήφθησαν από ασθενείς που είχαν μολυνθεί τον Δεκέμβριο για να δουν αν αυτή η παραλλαγή, στο τέλος του περασμένου έτους, είχε ήδη κυκλοφορήσει, η οποία περιείχε παρόμοιες μεταλλάξεις. Αυτά στη Νότια Αφρική και το Ηνωμένο ΒασίλειοΚαι άλλοι ακόμα δεν γνωρίζουμε την επίδρασή του.

Άλλες μελέτες περιέγραψαν μεταλλάξεις που βρέθηκαν σε αυτές τις χώρες και μέχρι στιγμής έχει αναφερθεί η μεγαλύτερη μολυσματική τους δύναμη σε σχέση με τον κοροναϊό που εντοπίστηκε στο Wuhan (Κίνα) τον Δεκέμβριο του 2019, αλλά η κλινική εικόνα των ασθενών δεν φαίνεται να ισχύει. Πιο σοβαρό, λέει η Naveca. Η κυβέρνηση του Ηνωμένου Βασιλείου, ωστόσο, την Παρασκευή το είπε Υπάρχουν ενδείξεις ότι η νέα εναλλακτική λύση μπορεί να είναι πιο θανατηφόρα.

“Είναι πιθανό ότι αυτή η νέα παραλλαγή έχει αποκτήσει μεταλλάξεις που θα μπορούσαν να σχετίζονται με μια ταχύτερη μόλυνση, που ξεφεύγουν από αντισώματα, αλλά και με ένα άλλο σύνολο μεταλλάξεων που ακόμα δεν γνωρίζουμε τι κάνουν”, εξηγεί ο επιστήμονας Nuno Varia, από το Κέντρο της Βραζιλίας. Για το Arbovirus Discovery, Diagnosis, Genomics and Epidemiology (Cadde), το οποίο συνεργάζεται με ερευνητές του Fiocruz. Οι επιστήμονες συνεχίζουν να μελετούν αν η νέα παραλλαγή είναι πιο μεταδοτική και αν μπορεί να ξεφύγει από την ανοσολογική αντίδραση εκείνων που έχουν ήδη προσβληθεί από το COVID-19. Το Fiocruz ανακαλύφθηκε την περασμένη Τετάρτη Η πρώτη περίπτωση επανεμφάνισης Για τη νέα παραλλαγή του coronavirus στο Amazonas.

Άλλοι παράγοντες που μπορούν να εξηγήσουν την επιδείνωση της πανδημίας αυτή τη στιγμή μελετούνται επίσης, όπως λοιμώξεις από διακοπές και εποχιακές ασθένειες που προκαλούνται από αναπνευστικούς ιούς. Μεταξύ Νοεμβρίου και Απριλίου της ιστορικής περιόδου βροχών υπάρχει αύξηση των ιογενών λοιμώξεων στην πολιτεία. Από τον Νοέμβριο, βλέπουμε μια αύξηση που ήδη αρχίζει να πανικοβάλλεται. Γιορτές στο τέλος του έτους και διαμαρτυρίες για το άνοιγμα του εμπορίου συνέπεσαν με την κυκλοφορία ενός πιο μεταδοτικού είδους “, εξηγεί η Navika.

«Σκοτεινός» στη γενετική ακολουθία

Αυτή η μεταβλητή ανησυχεί τη βραζιλιάνικη επιστημονική κοινότητα, ειδικά λόγω του πλαισίου της χώρας, η οποία δεν μπόρεσε να εφαρμόσει αποτελεσματικές πολιτικές ελέγχου των λοιμώξεων και καθώς επιδεινώνεται η επιδημία, βρίσκεται υπό μεγάλη πίεση στο νοσοκομείο.

Η περίπτωση της πολιτείας του Amazonas είναι ένα παράδειγμα κάποιου είδους απόκρυψης των γονιδιωματικών δεδομένων για τον Coronavirus στη Βραζιλία. Κατά τη διάρκεια της πανδημίας, η χώρα ενισχύει τα δίκτυα που λειτουργούν με τη γενετική ακολουθία. Υπάρχουν πολλές ομάδες που εργάζονται σε αυτό το θέμα, που συνδέονται με τα Υπουργεία Υγείας, Επιστήμης και Τεχνολογίας, ορισμένες από αυτές σε συνεργασία με το Cadde. Ωστόσο, μόνο το 0,024% των επιβεβαιωμένων περιπτώσεων έχουν υποβληθεί σε αλληλουχία στη Βραζιλία, ενώ στο Ηνωμένο Βασίλειο είναι 5% και στη Νότια Αφρική είναι 0,256%. “Η Βραζιλία διεξάγει μερικές δοκιμές, ακόμη και λιγότερες ακολουθίες. Όλα αυτά αντικατοπτρίζουν μια ιστορική έλλειψη επενδύσεων”, εξηγεί ο Navarro. Οι πόροι που πήγαν στην επιστήμη πέρυσι, όταν εξαπλώθηκε η πανδημία, ήταν 65% λιγότερο από ό, τι το 2015, όταν ξεκίνησαν περικοπές στην περιοχή. Οι προοπτικές για το τρέχον έτος είναι επίσης δραματικές. “Στη Βραζιλία, έχουμε τους πόρους για να κάνουμε έναν περιορισμένο αριθμό δειγμάτων”, λέει η ερευνητής Anna Teresa Vasconcelos του Εθνικού Εργαστηρίου Επιστημονικής Πληροφορικής.

Η ομάδα του Fiocruz στο Amazonas έχει ακολουθήσει μέχρι τώρα 190 γονιδιώματα. “Μπορούμε να κάνουμε περισσότερα, αλλά έχουμε διαγνωστική εργασία και οι πόροι απέχουν πολύ από το απαραίτητο”, εξηγεί η Naveca. Τα προβλήματα στην επέκταση του πεδίου εργασίας υπερβαίνουν την έλλειψη εξοπλισμού. “Η συμφόρηση είναι η επένδυση σε αντιδραστήρια και προσωπικό. Λέω, στη συνέχεια, είμαστε σε μεσαίο έως χαμηλό επίπεδο”, λέει ο ερευνητής. Η υποτίμηση του riyal έναντι του δολαρίου τους τελευταίους μήνες εμπόδισε το έργο της ερευνητικής ομάδας, καθώς εισάγονται όλα τα υλικά που χρειάζονται. “Με τους πόρους που έχουμε, μπορούμε να αγοράσουμε τα μισά από αυτά που αγοράσαμε πριν. Στον Αμαζόνιο, παλεύουμε πολύ με αυτό”, λέει. Η Naveka λέει ότι πέρυσι η ομάδα δεν είχε ουσιαστικά υλικά και έπρεπε να ζητήσει από την Πολεμική Αεροπορία να τα φέρει. Πρέπει να εισαγάγουμε Πολλά από αυτά τα υλικά δεν είναι διαθέσιμα για άμεση παράδοση, προσθέτει η Vasconcelos, ότι μπορεί να χρειαστούν 30 έως 60 ημέρες για την εισαγωγή τους.

Τους τελευταίους μήνες, το έργο παρακολούθησης γονιδίων στη Βραζιλία έχει καθυστερήσει, σύμφωνα με τον Fernando Spilke, ερευνητή και καθηγητή ιολογίας στο Πανεπιστήμιο του Feevale και συντονιστή του Corona-omic Network, το οποίο το Υπουργείο Επιστημών, Τεχνολογίας και Καινοτομίας δημιούργησε κατά τη διάρκεια της πανδημίας για να κατευθύνει τις προσπάθειες αλληλούχισης. “Υπήρχε ένα κίνημα στην αρχή που γεννήθηκε περισσότερες ακολουθίες, με τις προσπάθειες των διεθνών δικτύων. Μετά από αυτό, δεν υπήρχαν πολλά και τώρα αρχίζουμε να αντισταθμίζουμε τον χαμένο χρόνο. Ο Spilke ισχυρίζεται ότι επεκτείνει το δίκτυο και τον αριθμό των ατόμων που συμμετέχουν σε αυτό το έργο για να παρέχει ταχύτερες απαντήσεις.” Σχετικά με τις ακολουθίες στο ρυθμό του ΗΒ, οι οποίες έφτασαν τις 7.000 ακολουθίες σε μία μέρα. Αλλά προσπαθούμε να επεκτείνουμε τις δυνατότητές μας. Προς το παρόν, είμαστε ανήσυχοι, διαχωρίζουμε όσο το δυνατόν περισσότερα γονιδιώματα και βλέπουμε ποια μπορεί να μας απασχολούν.

Αυτή η παρακολούθηση επέτρεψε, για παράδειγμα, να εντοπίσει ένα νέο στέλεχος στο Ρίο ντε Τζανέιρο τον Ιούλιο, το οποίο επικράτησε σε νέες περιπτώσεις covid-19 από Πολιτεία του Ρίο Γκράντε ντο Σουλ. Αυτή η παρακολούθηση επιτρέπει την ανίχνευση της πορείας του ιού, αλλά είναι επίσης σημαντικό να γνωρίζουμε εάν τα υπάρχοντα διαγνωστικά εργαλεία πρέπει να βελτιωθούν για την ανίχνευση νέων περιπτώσεων. “Εάν εμφανιστεί μια μετάλλαξη σε μια περιοχή του ιού που αναγνωρίζει η δοκιμή, μπορεί να δώσει ένα ψευδώς αρνητικό αποτέλεσμα. Χρησιμοποιώντας αυτές τις πληροφορίες, είναι δυνατό να τις τροποποιήσετε και να κάνετε τη δοκιμή να λειτουργήσει ξανά”, εξηγεί η Naveca.

Όσον αφορά τον εμβολιασμό, η γενετική παρακολούθηση είναι επίσης σημαντική, επειδή οι μεταλλάξεις μπορούν να αναπτυχθούν μακριά από την προστασία που παρέχει το ανοσοποιητικό σύστημα, το οποίο στη συνέχεια πρέπει να βελτιωθεί. “Μέχρι στιγμής, καμία από τις μεταβλητές δεν μειώνει την αποτελεσματικότητα των εμβολίων”, προειδοποιεί η Άννα Τερέζα Βασκόντσος. Ο ειδικός εξηγεί ότι έχουν παρατηρηθεί μεταλλάξεις στην ακίδα πρωτεΐνης, όπου λειτουργούν πολλά εμβόλια, αλλά η παρέμβαση σε αυτήν την προστασία είναι πιο περίπλοκη: [mutación] Είπε ότι αυτά τα εμβόλια είναι πολύ επιβλαβή, και παρασκευάζονται με τρόπο που μπορεί να προσαρμοστεί.

Η έναρξη του εμβολιασμού ενός πληθυσμού θα μπορούσε να μειώσει το μέγεθος της μετάλλαξης. Όσο λιγότερο εξαπλώνεται ο ιός, τόσο λιγότερα άτομα τον μεταδίδουν. Για να επιβιώσετε, πρέπει να συνεχίσετε να μολύνετε », εξηγεί ο Vasconcelos. Υπό αυτήν την έννοια, η πολιτική περιορισμού της μόλυνσης θα είναι σημαντική. Χρειαζόμαστε επειγόντως εμβολιασμό, καθώς και πιο περιοριστικά μέτρα. Πρέπει να το συγκρατήσουμε έτσι ώστε ο ιός να μην συνεχίσει να διαφοροποιείται και να έχουμε πρόβλημα στο μέλλον με τα εμβόλια », καταλήγει ο Sapelke.