Οι ειδικοί εντοπίζουν μια νέα παραλλαγή του COVID στη Νότια Αφρική – αυτό που είναι γνωστό μέχρι στιγμής

όπως και Ομάδα Νοτιοαφρικανών ερευνητών Εντοπίσαμε ένα νέο είδος SARS-CoV-2ιός που προκαλεί COVID-19Το Το στέλεχος αντιπροσωπεύει μια γενετικά διακριτή ιική ομάδα με α κοινός πρόγονοςΤο Αυτός ο ιός μπορεί να ταξινομηθεί ως παραλλαγή στο μέλλον, με βάση τα δραματικά αλλαγμένα χαρακτηριστικά, αλλά πρώτα πρέπει να τον καταλάβουμε καλύτερα. Τα μέχρι τώρα ευρήματά μας παρουσιάζονται σε μια μη προηγούμενη ανασκόπηση χαρτίΤο

Η νέα καταγωγή, που ορίζεται C.1.2, βρίσκεται σε όλες τις κομητείες της πολιτείας. Ενώ μοιράζονται κάποιες μεταλλάξεις με άλλες παραλλαγές, διαφέρουν από ορισμένες απόψεις.

Οι ιοί αλλάζουν συνεχώς. Μερικές φορές οι μεταλλάξεις οδηγούν σε ένα επιπλέον όφελος για τον ιό, όπως αυξημένη μεταδοτικότητα. Αλλά συχνά οι μεταλλάξεις δεν κάνουν τίποτα ευεργετικό για τον ιό. Έτσι, περισσότερες μεταλλάξεις δεν σημαίνουν πάντα πρόβλημα για εμάς, τον οικοδεσπότη του.

Όσον αφορά το C.1.2, πολλά είναι ακόμη άγνωστα. Για παράδειγμα, είναι πολύ νωρίς για να γνωρίζουμε εάν αυτές οι μεταλλάξεις θα επηρεάσουν τη μεταδοτικότητα ή την αποτελεσματικότητα ενός εμβολίου.

ο Δίκτυο Παρακολούθησης Genomics στη Νότια Αφρική Αυτός ήταν Παρακολουθήστε τις αλλαγές στο SARS-CoV-2 από τον Μάρτιο του 2020. Η Νότια Αφρική ήταν μία από τις πρώτες χώρες παγκοσμίως που εισήγαγε συστηματική και συντονισμένη γενετική επιτήρηση, ακολουθώντας τα γονιδιώματα SARS-CoV-2 από δείγματα ασθενών που αντιπροσωπεύουν διαφορετικές γεωγραφικές περιοχές και με την πάροδο του χρόνου.

Τα ευρήματά του παρείχαν μια εικόνα για το πώς και πότε εισήχθη ο SARS-CoV-2 Χώρακαι στο πρώιμη εξάπλωσηΤο Το δίκτυο προσδιορίζει επίσης τα γονιδιώματα του ιού για τον εντοπισμό νεοεξελιγμένων ιικών στελεχών που προκαλούν ιδιαίτερη ανησυχία.

Αργότερα το 2020, το δίκτυο ανακάλυψε αυτό που σήμερα ονομάζεται Εναλλακτική βήτα στο άγχος Πρόσφατα παρατήρησε, σχεδόν σε πραγματικό χρόνο, την ταχεία άφιξη και σύλληψη της παραλλαγής δέλτα στη Νότια Αφρική.

Τι είναι γνωστό και τι δεν είναι γνωστό

Επιλέγουμε δείγματα ασθενών από διαγνωστικά εργαστήρια σε όλη τη χώρα και εκτελούμε αλληλουχία για την ανάλυση των γονιδιωμάτων του ιού. Στη συνέχεια συγκρίνουμε αυτές τις ακολουθίες με αυτές που έχουμε δει στο παρελθόν και αλλού. Είναι πολύ παρόμοιο με το παιχνίδι όπου βρίσκετε τη διαφορά μεταξύ σχεδόν πανομοιότυπων εικόνων.

Παίζουμε το Spot the Difference με το SARS-CoV-2. Όταν βρίσκουμε πολλές διαφορές – ή διαφορές σε ορισμένα μέρη ιδιαίτερου ενδιαφέροντος, όπως το ύψος του ιού – δίνουμε ιδιαίτερη προσοχή. Και μετά κοιτάμε να δούμε πόσο συχνά βλέπουμε τον συγκεκριμένο ιό και πού – σε μια περιοχή της χώρας ή σε πολλές περιοχές, ακριβώς στη Νότια Αφρική ή επίσης σε άλλα μέρη του κόσμου. Παρακολουθούμε επίσης εάν αυξάνεται με την πάροδο του χρόνου, γεγονός που θα μπορούσε να υποδηλώνει ότι αντικαθιστά προηγούμενες εκδόσεις του ιού.

Όταν αναλύουμε τον ιό και τον συγκρίνουμε με άλλους ιούς SARS-CoV-2, του δίνεται ένα όνομα με βάση τον πλησιέστερο ιό που ταιριάζει. Στη συνέχεια, εξετάζουμε τον ιό και τον ιό που ταιριάζει για να δούμε πόσο μοιάζουν μεταξύ τους. Αν δούμε πολλές διαφορές που θα μπορούσαν να είναι ενδεικτικές μιας νέας φυλής.

Τον Μάιο του 2021 Ανακαλύψαμε πρώτα Μια μεταλλαγμένη ομάδα νοτιοαφρικανικών ιών που σχετίζονται με τον SARS-CoV-2 στους οποίους έχει εκχωρηθεί η καταγωγή, C.1.2. Μέχρι στιγμής, από τον Μάιο έως τον Αύγουστο του 2021, το C.1.2 έχει ανιχνευθεί σε όλες τις επαρχίες. Ωστόσο, συμβαίνει σε σχετικά χαμηλή συχνότητα και παρόλο που βλέπουμε μικρές αυξήσεις σε αυτό το ποσοστό σε επιπλέον χρόνο, παραμένει πολύ χαμηλό.

Αυτό το στέλεχος διαθέτει ενδογενετικές μεταλλάξεις που παρατηρούνται σε άλλες παραλλαγές του SARS-CoV-2.

Το δίκτυο ειδοποίησε τον Παγκόσμιο Οργανισμό Υγείας (ΠΟΥ) και το Εθνικό Υπουργείο Υγείας της Νότιας Αφρικής για αυτό το ποσοστό τον Ιούλιο. Οι δύο μήνες μεταξύ της πρώτης ανακάλυψης και της ειδοποίησής μας προέρχονται από μια μακρά διαδικασία αλληλουχίας και ανάλυσης. Επιπλέον, μεταλλαγμένοι ιοί εμφανίζονται κατά καιρούς – αλλά πολλοί εξαφανίζονται ξανά. Επομένως, έπρεπε να παρακολουθούμε το συγκεκριμένο άτομο για να δούμε αν θα εντοπιστεί σε επιπλέον περιοχές. Μόνο όταν αρχίσαμε να το εντοπίζουμε σε άλλες επαρχίες και όταν αναφέρθηκε επίσης από άλλες χώρες, αισθανθήκαμε ότι είχαμε αρκετά στοιχεία για να προτείνουμε ένα νέο στέλεχος.

Το δίκτυο παρακολούθησης συνεχίζει να παρακολουθεί τη συχνότητα καθόδου σε ολόκληρη τη χώρα και να βοηθά τις άλλες αφρικανικές χώρες να κάνουν το ίδιο. Επίσης, διεξάγονται δοκιμές για την αξιολόγηση της λειτουργικής επίδρασης των μεταλλάξεων που περιέχουν – για παράδειγμα, πόσο καλά τα αντισώματα δρουν σε άτομα που έχουν εμβολιαστεί ή έχουν μολυνθεί προηγουμένως με τον νέο ιό, πόσο καλά αναπαράγεται σε κυτταρικές καλλιέργειες σε σύγκριση με άλλες παραλλαγές ιών και ούτω καθεξής.

Ο ιός δεν πληροί ακόμη τα κριτήρια του Παγκόσμιου Οργανισμού Υγείας για να ταξινομηθεί ως α μεταβλητή ενδιαφέροντος ή μεταβλητή ενδιαφέροντοςΤο Ένας άλλος τύπος ενδιαφέροντος έχει γενετικές μεταβολές που επηρεάζουν σημαντικά χαρακτηριστικά του ιού (μεταδοτικότητα, σοβαρότητα της νόσου, ανοσογονικότητα, πρόγνωση και θεραπευτική απόδραση) και επιδημιολογικές επιπτώσεις που υποδεικνύουν κίνδυνο για την παγκόσμια δημόσια υγεία. Η παραλλαγή ανησυχίας είναι η χειρότερη κατηγορία – είναι μια παραλλαγή με αυξημένη μεταδοτικότητα, μολυσματικότητα και/ή μειωμένη αποτελεσματικότητα της δημόσιας υγείας ή ιατρικών συσκευών όπως εμβόλια, θεραπείες και δοκιμές.

Το Delta είναι ένα καλό παράδειγμα μιας μεταβλητής άγχους που κατέλαβε γρήγορα την πανδημία παγκοσμίως, προκαλώντας μεγάλα κύματα σε πολλές χώρες, συμπεριλαμβανομένων εκείνων με προηγμένα προγράμματα εμβολιασμού.

Το στέλεχος 1.2 μοιράζεται μερικές κοινές μεταλλάξεις με όλες τις άλλες παραλλαγές που μας ενδιαφέρουν, συμπεριλαμβανομένων των παραλλαγών Beta, Lambda και Delta. Αλλά το νέο στέλεχος έχει μια σειρά επιπλέον μεταλλάξεων.

Αρχαιολογία

Ακόμα συλλέγουμε περισσότερα δεδομένα για να κατανοήσουμε την επίδραση αυτής της γενεαλογίας στη μεταδοτικότητα και στα εμβόλια.

Ο SARS-CoV-2, όπως όλοι οι ιοί, μεταλλάσσεται με την πάροδο του χρόνου, συνήθως με τρόπο που δίνει στον ιό κάποιο πλεονέκτημα. Ορισμένες μεταλλάξεις στο στέλεχος C.1.2 προέκυψαν σε άλλες παραλλαγές του SARS-CoV-2 που ενδιαφέρουν ή ενδιαφέρουν. Αλλά ακόμα δεν έχουμε πλήρη εικόνα. Θα απαιτήσει συνδυασμό συνεχούς συνολικής παρακολούθησης (ιδιαίτερα για να διαπιστωθεί εάν είναι πιθανό να αντικαταστήσει την κυρίαρχη επί του παρόντος παραλλαγή δέλτα) και εργαστηριακές μελέτες για τον χαρακτηρισμό των ιδιοτήτων της.

Με βάση την τρέχουσα κατανόηση των μεταλλάξεων στο συγκεκριμένο στέλεχος, υποψιαζόμαστε ότι μπορεί να είναι σε θέση να αποφύγει εν μέρει την ανοσοαπόκριση. Παρ ‘όλα αυτά, η άποψή μας με βάση αυτό που γνωρίζουμε τώρα είναι ότι τα εμβόλια θα εξακολουθούν να παρέχουν υψηλά επίπεδα προστασίας από νοσηλεία και θάνατο.

Αναμένουμε ότι νέες παραλλαγές θα συνεχίσουν να εμφανίζονται όπου κι αν εξαπλώνεται ο ιός. Ο εμβολιασμός παραμένει κρίσιμος για την προστασία των ατόμων στις κοινότητές μας που διατρέχουν υψηλό κίνδυνο νοσηλείας και θανάτου, για τη μείωση της πίεσης στο σύστημα υγείας και για την επιβράδυνση της μετάδοσης. Αυτό πρέπει να συνδυαστεί με όλα τα άλλα μέτρα δημόσιας και κοινωνικής υγείας.

Επομένως, συμβουλεύουμε το κοινό να παραμείνει σε εγρήγορση και να συνεχίσει να ακολουθεί το πρωτόκολλο COVID-19, συμπεριλαμβάνοντας καλό αερισμό σε όλους τους κοινόχρηστους χώρους και φορώντας μάσκες που καλύπτουν τη μύτη, το στόμα και το πηγούνι σας. Αυτές οι μη φαρμακευτικές παρεμβάσεις είναι εξακολουθεί να προσφέρεται για Αποτρέψτε την εξάπλωση του SARS-CoV-2 ανεξάρτητα από την παραλλαγή.

Θεωρούμε επίσης ότι η μεταλλαγμένη γενεά είναι απίθανο να επηρεάσει την ευαισθησία των δοκιμών PCR. Αυτές οι δοκιμές συνήθως ανιχνεύουν τουλάχιστον δύο διαφορετικά μέρη του γονιδιώματος SARS-CoV-2, τα οποία χρησιμεύουν ως εφεδρικά σε περίπτωση που ένα από αυτά μεταλλαχθεί. Σε εξέλιξη είναι μελέτες για την αξιολόγηση τυχόν επιπτώσεων στις διαγνωστικές εξετάσεις.

Γιατί απαιτείται εγρήγορση;

Το Νοτιοαφρικανικό Δίκτυο Επιτήρησης Γονιδιώματος συνδέει την Εθνική Υπηρεσία Εργαστηρίων Υγείας και τα Εργαστήρια Δοκιμών COVID-19 με Ακαδημαϊκά Κέντρα Αλληλουχίας. Αυτή η συνεργασία επέτρεψε στους Νοτιοαφρικανούς εμπειρογνώμονες να δημιουργήσουν και να αναλύσουν γρήγορα διαδοχικά δεδομένα για την ενημέρωση των περιφερειακών και εθνικών απαντήσεων.

Στα τέλη Αυγούστου 2021, η παραλλαγή δέλτα αποτελούσε πάνω από το 90% των ακολουθιών στη Νότια Αφρική. Αλλά η εξέλιξη του ιού συνεχίζεται, όσο ο ιός μπορεί να εξαπλωθεί από άτομο σε άτομο, να πολλαπλασιαστεί και να μεταδοθεί. Συνεπώς, είναι απαραίτητο να συνεχίσουμε να παρακολουθούμε την εξέλιξή του, να εντοπίζουμε νέα προβληματικά χαρακτηριστικά από νωρίς και να αναπτύσσουμε αντίμετρα, όποτε είναι δυνατόνΤο

γραμμένο από:

• Καθηγητής Wolfgang Presser – Επικεφαλής: Τμήμα Ιατρικής Ιολογίας, Πανεπιστήμιο Stellenbosch
• Catherine Schippers – Ανώτερη Ιατρική Επιστήμονας, Πανεπιστήμιο του Witwatersrand
• Ο Jinal Bhaiman είναι επικεφαλής ιατρικός επιστήμονας στο Εθνικό Ινστιτούτο Λοιμωδών Νοσημάτων (NICD), το Εθνικό Ινστιτούτο Λοιμωδών Νοσημάτων
• Maritje Venter – Πρόεδρος: Πρόγραμμα ζωονόσων, άσθματος και αναπνευστικού ιού, καθηγητής, τμήμα ιατρικής ιολογίας, Πανεπιστήμιο Πρετόρια
• Benny Moore – Reader και DST/NRF SARChI Head of Virus Host Dynamics, National Institute of Infectious Diseases, Caprisa Research, University of the Witwatersrand
• Tulio de Oliveira – Διευθυντής: KRISP – KwaZulu -Natal Research and Innovation Sequencing Platform, University of KwaZulu -Natal

Αυτό το άρθρο δημοσιεύτηκε για πρώτη φορά στο ΣυνομιλίαΤο